Aunque comúnmente se acepta que la innovación organizacional juega un papel importante en la competitividad y/o la productividad de una organización y, en consecuencia, de una nación, las cuestiones organizativas rara vez se tratan en las estadísticas nacionales y hasta ahora ha habido poca investigación sobre posibles enfoques para medir, monitorear y analizar las innovaciones organizacionales. La importancia de este tipo de innovación para el desempeño de las organizaciones ha sido demostrada en estudios que analizan su impacto empresarial, aunque hay pocos estudios relacionados con los efectos de estas innovaciones en el sector público. Es así, que esta investigación muestra que los conceptos administrativos también tienen un impacto en la productividad de las organizaciones. Se utilizó una metodología cuantitativa longitudinal a través de datos de panel de diez años (2010-2019) correspondiente a las variables estructurales de innovación organizacional como variables independientes y la productividad como variable dependiente de los Centros Públicos de Investigación, analizados mediante regresión lineal con efectos fijos. Los datos de los veinticuatro Centros fueron tomados de fuentes primarias: informes anuales; estados de resultados; documento jurídico de nombramientos; estructura orgánica aprobada por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público; presupuesto de Egresos de la Federación; descripción de puesto y anuarios. Los principales resultados muestran que los efectos de las variables estructurales de innovación organizacional sobre la productividad de los Centros no son necesariamente iguales que en otros estudios. Algunas de estas variables estructurales de innovación organizacional sí fomentan que los Centros aumenten su productividad, mientras que otras las inhiben. Entre las variables estructurales que tuvieron un efecto positivo en la productividad se encuentran la intensidad administrativa, la longevidad, la diversificación funcional y la especialización. Mientras que, la variables estructurales que tuvo un efecto negativo están la diversificación vertical y la descentralización. Por lo tanto, los presentes hallazgos indican la inestabilidad de los resultados entre diferentes investigaciones en este tema. Estos hallazgos brindan información para el seguimiento y evaluación del sistema organizacional en los Centros. Asimismo, esta investigación permite proveer nueva evidencia en el campo de innovación organizacional en el área de variables estructurales enfocada a organizaciones de servicios.