Este trabajo analiza la sentencia SUP-JDC-9167/2011 emitida por la Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación, y la problemática en el ejercicio de los derechos político-electorales que se presenta para los pueblos y comunidades indígenas en México. El sistema electoral mexicano se caracteriza por elecciones organizadas bajo los principios del voto universal, libre y secreto, con participación de los partidos políticos y que se ajusta a divisiones políticas (distritos y municipios), que omiten tomar en cuenta la organización territorial y los usos y costumbres de los pueblos y comunidades indígenas para la designación de sus autoridades locales; lo que antropológicamente se explica al estudiar el conflicto entre los métodos del normativismo y del procesualismo. En este escenario se plantea la existencia de una contradicción entre el sistema liberal-democrático y el sistema tradicional de los pueblos y comunidades indígenas, y se sostiene que es necesaria la armonización legislativa, dentro del pluralismo jurídico, que permita la libre determinación de los pueblos y comunidades indígenas.