La movilidad y el transporte público son un desafío para todas las administraciones públicas, el tema de estructura y organización que tengan estás, son sin duda alguna un factor determinante para beneficio de la población, así como para el desarrollo y crecimiento de la propia ciudad. Por ello, el presente trabajo tiene como objetivo primordial realizar un análisis comparativo sobre el sistema de transporte colectivo en las zonas metropolitanas de Querétaro y Guanajuato, ciudades con un alto potencial turístico, en crecimiento económico perceptible, ciudades atractivas en inversiones y con una posición geográfica privilegiada. Lo que trae consigo la exigencia constante de mejoras exigidas en sus sistemas de transportes, así como en su desarrollo urbano. En esta tesitura la redacción de esta tesis hace una breve descripción de cómo están estructurados actualmente los sistemas de transporte, sus puntos positivos y negativos; que, si bien es cierto ambas Ciudades se encuentran catalogadas entre “las mejores”, también es cierto que a medida que estas crecen, los problemas aumentan, llegando así a la conclusión de que, no basta sólo con incrementar el número de autobuses, o ampliar los horarios de servicio; la regulación y mejora debe consistir primordialmente en generar un plan de trabajo con estructura interinstitucional, que se aplique desde la base la normativa, pues es de conocimiento público que un sistema de transporte no recae solo en el mal manejo, sino en las autorizaciones que se dan sin que en ello recaiga sanción alguna.