La agricultura moderna demanda la generación de nuevas alternativas para el control de plagas y enfermedades agrícolas que sean menos tóxicas y efectivas. Recientemente, se le ha atribuido una nueva función al DNA extracelular (eDNA) homólogo, la cual consiste en mediar la inhibición del crecimiento del organismo del cual proviene. Lo anterior ha sido entendido como un fenómeno de respuesta a estrés, en donde el reconomiento del eDNA por las células es indicativo de un medio hóstil y, por lo tanto, actúa como un “Patrón Molecular Asociado a Daño” (DAMP). Este fenómeno ha sido propuesto como una posible alternativa para la generación de productos de tipo herbicida. En el presente trabajo se evalúo dicho fenómeno para generar la inhibición específica de los microorganismos fitopatógenos Fusarium oxysporum y Phytophthora spp., por medio de ensayos de exposición directa de los fitopatógenos a su propio eDNA a diferentes concentraciones, estimando la germinación de espora, niveles de metilación del DNA y la actividad enzimática superóxido dismutasa (SOD) y catalasa (CAT). Dosis de 500 μg/mL del eDNA homólogo causaron una reducción significativa en la germinación de espora de ambos fitopatógenos; además, se observó que eDNA heterólogo, proveniente de lechuga (Lactuca sativa), no generó dicho efecto; por lo tanto, los resultados indican que el tratamiento es especie-específico. Por otro lado, se identificó el aumento de la actividad SOD y CAT en ambos fitopatógenos después de la aplicación de eDNA homólogo, por lo que el fenómeno de inhibición indica estar relacionado con el proceso de estrés oxidativo. Además, cambios en la metilación del DNA genómico fueron observados, vinculando al fenómeno a modificaciones en la expresión génica. Así mismo, se estableció la aplicación de eDNA en un sistema de infección de plántula de chile con P. capsici, observando efectos negativos en la prevención de enfermedad, por lo que estudios de dosis-patógeno serán necesarios para corroborar el resultado. A partir de los resultados anteriores, se concluye que el eDNA inhibe la germinación de espora de los fitopatógenos estudiados a concentraciones de 500 μg/mL en ensayos in vitro, y funge como DAMP al activar respuestas relacionadas con el estrés.