El Chile (Capsicum spp.) Es uno de los cultivos hortícolas más importantes económicamente del mundo; Su producción en la industria alimentaria y farmacéutica ha aumentado en todo el mundo. La importancia económica de este cultivo se debe, en parte, a las propiedades nutracéuticas derivadas de su metabolismo secundario. La sequía es el principal factor ambiental que afecta la producción de cultivos. Sin embargo, los estudios que involucran déficit hídrico solo consideran respuestas a corto plazo al déficit agudo de agua en lugar de procesos de aclimatación a largo plazo a través de déficits hídricos moderados y gradualmente crecientes, lo que omite la dinámica y el perfil del metabolismo secundario que forma parte del sistema de defensa de la planta contra este factor de estrés. El presente estudio tuvo como objetivo identificar los diferentes mecanismos que utilizan las plantas de chile en la respuesta adaptativa (hormesis) para hacer frente a la sequía utilizando una disminución y un aumento progresivos de la disponibilidad de agua, condiciones que ocurren comúnmente en campos abiertos para cultivos. Se aplicaron cuatro tratamientos: déficit gradual de agua (GWD), inicialmente anegado con déficit gradual de agua (IWGD), déficit repentino de agua con recuperación gradual (SWDR) y sin déficit de agua (NDW). Estas condiciones deberían representar una situación más real similar a la que enfrentan las plantas en el ambiente agrícola. Para determinar los mecanismos de respuesta asociados con el déficit de agua, se evaluaron los cambios en las variables fenológicas, la acumulación de prolina y la expresión de genes de fenilalanina amonio-liasa (pal), chalcone sintasa (chs), peroxidasa (pod) y superóxido dismutasa (sod ) en plantas de chile que crecen bajo diferentes regímenes de riego en dos tipos de suelos contrastantes (suelo del centro de origen y suelo arcillo) de áreas donde se cultiva chile en el centro de México. Las variables evaluadas mostraron una respuesta diferenciada de los mecanismos en plantas que crecen bajo diferentes niveles de déficit hídrico. Dada la respuesta diferencial observada para la expresión génica y las variables morfológicas y bioquímicas estudiadas en plantas de chile contra diferentes regímenes hídricos en este trabajo, esto puede tener implicaciones para un uso más eficiente del agua en cultivos con alto contenido nutracéutico, además de las perspectivas de uso de productos derivados del metabolismo secundario en la industria farmacéutica.