Se determinó la actividad antimicrobiana del veneno de víbora de cascabel Crotalus aquilus mantenidas en cautiverio en dos UMAs en la ciudad de Querétaro. Se evaluó el veneno total, así como las fracciones obtenidas mediante FPLC en columna Sephadex G-50 y se determinó la concentración proteica mediante método de Bradford. Posteriormente se sembraron alícuotas de las fracciones y el veneno a concentraciones de 2µg/ml y 30 µg/ml con colonias de Pseudomonas aeruginosa. Se obtuvieron tres picos después del fraccionamiento cromatográfico (F1, F2 y F3), teniendo concentraciones de veneno completo, 3.21 μg/μl; F1, 2.0642 μg/μl; F2, 3.0566 μg/μl; F3, 0.81 μg/μl. En conteo de UFC, a concentración de 2µg/ml se obtuvieron resultados similares en todas las fracciones (Promedio de UFC: F1, 102; F2, 100.67; F3, 90.33) y el veneno completo (105.33 UFC), siendo estadísticamente distintas al grupo control (243 UFC); mientras que a concentración de 30 µg/ml se ve una mayor actividad bactericida en el veneno completo (47.33 UFC) seguido de la fracción 3 (69 UFC) (P< 0.05). Las F1 y F2 no variaron en su resultado al aumentar la concentración. Todas las fracciones del veneno tienen actividad bactericida a las dos concentraciones evaluadas, el veneno completo a mayor concentración muestra una mayor capacidad bactericida que las fracciones por sí solas. La fracción 3, conteniendo proteínas y péptidos de menor tamaño, mostró mayor actividad bactericida que las otras dos fracciones.