Los recursos zoogenéticos han sido considerados una prioridad y un componente clave de sustentabilidad. En México la cabra criolla negra es un ejemplo de estos recursos, ha sido reconocida por su elevada rusticidad, además de la excelente calidad de su leche. Sin embargo, al no contar con una caracterización formal, la población empieza a desaparecer a causa de la introducción de animales exóticos. Por lo anterior, el objetivo del presente trabajo fue caracterizar de forma genética y morfoestructural esta población. La caracterización genética se realizó utilizando ADN de 45 individuos y un panel de 30 marcadores microsatélite. Los resultados obtenidos mostraron que aún existe una gran diversidad genética en este ganado, esto al obtener 243 alelos en los 30 marcadores. Posteriormente se realizó la caracterización inter-racial incluyendo la información de 25 microsatélites localizados en 455 individuos de 13 poblaciones integradas en el proyecto de Biodiversidad Caprina Iberoamericana (BioGoat). Se calculó la matriz de distancias genéticas de Reynolds y se analizó la estructura genética de las poblaciones, mostrando que la cabra criolla negra se encuentra claramente diferenciada, además mantiene una estructura racial definida, motivo por el cual la población debe considerarse como una raza de cabras mexicanas. Para evaluar la caracterización morfoestructural se incluyeron 226 animales de ocho localidades y se tomaron 14 medidas corporales. Se realizó el estadístico descriptivo de las variables y se obtuvieron 9 índices zoométricos. La armonía morfológica de la población se determinó mediante el número de correlaciones positivas y significativas (P<0.05). Se realizó un análisis de componentes principales y se obtuvo un análisis jerárquico de conglomerados empleando la distancia euclidiana. Los resultados mostraron que los animales evaluados presentan cierto grado de homogeneidad morfoestructural y mantienen un modelo altamente armónico que pueden distinguir a esta población de otras razas de animales.