La región de San José del Cabo, Baja California Sur, México, es periódicamente afectada por eventos de ciclones tropicales. La ocurrencia de dichos fenómenos en la región, así como la mala planeación urbana asociada al incremento poblacional, a traído consigo repercusiones que van desde daños a estructuras residenciales y viales, hasta pérdida de vidas humanas. El área de estudio carece de una modelación hidráulica a detalle asociada a fenómenos de ciclones tropicales para la zonificación del peligro, así mismo, los grandes caudales asociados a la incidencia de estos eventos permiten el estudio de efecto de la potencia de corrientes sobre los cambios geomorfológicos en los arroyos de la zona. Debido a esto, se sugiere la realización de una caracterización de peligro por inundaciones asociada a una modelación hidráulica y a una cuantificación de cambios en la geomorfología de los arroyos. La metodología engloba desde el procesamiento de la información hidrometeorológica hasta, hasta una modelación hidráulica y el análisis estadístico de variaciones en la morfología de los cauces. Con ello fue posible la caracterización espacial del área de estudio por su peligrosidad. De acuerdo con los resultados, el arroyo El pedregal presenta un mayor número de zonas de alta peligrosidad, comparada con los arroyos el Saltito y El Cajón. Por otra parte, es apreciable una correlación positiva entre el ensanchamiento de arroyos y la potencia total de corrientes para zonas en las que la potencia de corrientes total es menor a 4,700 W/m.