La biotecnología es una industria que ha tenido un crecimiento constante en los últimos años, engloba diversas ciencias y los productos de su aplicación son muy variados abarcando la medicina, industria, agricultura, alimentos, medio ambiente, entre muchos más. El objetivo de esta investigación fue analizar y definir los factores de cambio que impactan el desarrollo de la biotecnología en Querétaro. Esto se planteó con la finalidad de sentar las bases para la realización de prospectiva en la industria. La prospección permite la detección de factores de cambio y proyección de tendencias tecnológicas a través de un análisis en los ámbitos científico, tecnológico, económico y social. La pregunta que se resolvió fue, precisamente, cuáles son los factores que intervienen en el impulso o freno de la biotecnológica en el caso específico del Estado de Querétaro. Para ello, se definió una investigación aplicada no experimental, con una metodología cuantitativa que buscó la obtención de indicadores a través de un estudio en retrospectiva y con el levantamiento de datos a través de cuestionarios a empresas e investigadores de la industria biotecnológica con un muestreo aleatorio estratificado. Además, se realizó un estudio de regresión donde, se obtuvo que los indicadores con mayor impacto en el PIB son los SNI biotecnológicos, el gasto federal en Ciencia y Tecnología y las patentes concedidas por mexicanos. Finalmente, se realizó un estudio correlacional, con el cual se comprobó, con las empresas, que sí existe correlación entre las tres variables de estudio: entorno, capacidad y desempeño; y entre los principales factores que impactan en la industria biotecnológica están la innovación, determinada en gran parte por las patentes generadas y la inversión realizada en Ciencia, Tecnología e I+D; además, se obtuvo que las ramas biotecnológicas más relevantes y prometedoras son alimentos, salud y medio ambiente; conjuntamente se identificó que la variable estratégica para la industria biotecnológica es la capacidad de desarrollo de las empresas, la cual incluye las dimensiones de infraestructura, transferencia tecnológica innovación y recursos humanos.