Antecedentes: Los médicos estudiantes y los médicos egresados están expuestos a estrés académico y profesional por lo que son vulnerables a problemas psicosociales el cual puede comprometer su salud física, mental y social, exponiéndose al agotamiento profesional el cual puede condicionar ansiedad, depresión, abuso/dependencia de alcohol y tabaquismo, entre otros. Estos problemas de salud condicionan mala calidad de los servicios médicos así como decisiones incorrectas en cuanto al tratamiento de los pacientes. Objetivos: Determinar la asociación del agotamiento profesional con ansiedad, depresión y factores relacionados en médicos residentes y médicos internos de pregrado. Material y métodos: Estudio trasversal analítico en médicos residentes y médicos internos de pregrado adscritos al Hospital General Regional No. 1 de Querétaro, Qro, donde se aplicaron los siguientes cuestionarios: Test de Fagerström, Test AUDIT, Escala de Hamilton para depresión, Escala de Ansiedad de Hamilton y Cuestionario de Fatiga de Compasión y Satisfacción. Este estudio se ajustó a las normas éticas institucionales y a la Ley General de Salud en materia de experimentación en seres humanos y así como de la declaración de Helsinki, Finlandia, actualizada en Corea 2008. Resultados: Se analizó una muestra de 116, de los cuales el 39% corresponde a médicos internos de pregrado y el 71% a médicos residentes, el cual se encontró asociación del agotamiento profesional con la ansiedad con una p 0.000, así como asociación del agotamiento profesional con la depresión con una p 0.000 y asociación del agotamiento profesional con el abuso/dependencia del alcohol con una p 0.004. De los cuales el 42% con ansiedad leve y el 30% con ansiedad moderada, el 31% menos que depresión mayor, el 16% depresión mayor, y el 3% más que depresión mayor y dentro del consumo de alcohol un 16% con riesgo de adicción y un 9% con problemas con el alcohol. Conclusiones: Se encontró una asociación con el agotamiento profesional con la ansiedad, la depresión y el abuso/dependencia de alcohol.