Durante la pandemia del 2020 ocasionada por el virus SARS-CoV-2, demostró una variabilidad clínica notoria, donde la microbiota oronasofaríngea pudo influir en la respuesta del huésped ante el virus. Entra las bacterias más relevantes se encuentran la familia Prevotellaceae y Streptococcaceae, teniendo una asociación a un estado inflamatorio vinculado con mayor gravedad en COVID-19. Sin embargo, aún no está claro si su abundancia difiere entre pacientes positivos y negativos al virus. Este estudio tuvo como objetivo comparar la abundancia de las familias Prevotellaceae y Streptococcaceae en muestras oronasofaríngeas de 62 individuos (27 negativos y 35 positivos para SARS-CoV2), mediante qPCR del gen 16S y posteriormente se cuantificaron ambas familias bacterianas con la misma técnica molecular. Tras confirmar la no normalidad de los datos, se aplicaron pruebas no paramétricas para comparar la abundancia absoluta, relativa y transformada logarítmicamente entre los grupos. Los resultados obtenidos fueron que el sexo mostró una diferencia estadísticamente significativa con el estado de infección (p = 0.0013). El IMC presentó una diferencia altamente significativa entre los dos grupo (p < 0.001), asimismo la cantidad de comorbilidades (p = 0,0057), siendo la DMT2 (p = 0.003) y obesidad (p = 0.0159), las enfermedades más destables e incluso la ausencia de comorbilidades fue estadísticamente significativa siendo más frecuente en el gpo negativo (p = 0.0089). La vacunación contra la influenza mostró una asociación significativa (p = 0.0038). La abundancia relativa de estas familias presentó diferencias altamente significativas entre los gpos (p < 0.0001). El análisis de asociación evidenció una relación significativa de la presencia de la familia Prevotellaceae (χ² = 38.77; gl = 1; p < 0.0001) y Streptococcaceae (χ² con corrección de Yates = 41.47; gl = 1; p < 0.0001) con el estado positivo a SARS-CoV-2. Este conjunto de resultados respalda que la interacción de las familias bacterianas de Streptococcaceae y Prevotellaceae forman parte de un sistema complejo con la infección por SARS-CoV-2.