Introducción: La tuberculosis extrapulmonar representa un desafío clínico en la población pediátrica debido a su presentación inespecífica y a la dificultad diagnóstica. Existe escasa evidencia local sobre los factores asociados en los niños mexicanos. Objetivo: Determinar los factores asociados a tuberculosis extrapulmonar en pacientes pediátricos atendidos en el Hospital de Especialidades del Niño y la Mujer de Querétaro, entre 2018 y 2023. Material y métodos: Estudio observacional, descriptivo, retrospectivo y transversal. Se revisaron expedientes clínicos de pacientes de 0 a 15 años con diagnóstico de tuberculosis extrapulmonar. Se analizaron variables sociodemográficas, antecedentes personales, comorbilidades, tipo de tuberculosis extrapulmonar, métodos diagnósticos, tratamiento recibido y complicaciones. Resultados: Se incluyeron 46 pacientes, con mediana de edad de 4 años; 56.5% fueron de sexo masculino. La forma clínica prevalente fue la tuberculosis ganglionar (78.3%), seguida de la meníngea (13%) e intestinal (8.7%). La comorbilidad más prevalente fue la desnutrición (78.3%). El 67.4% vivían en condiciones de hacinamiento y 84.8% tuvieron PPD positiva. El 78.3%) había recibido la vacuna BCG. El método diagnóstico más utilizado fue la biopsia (32.6%). Se identificaron complicaciones en el 39.1% de los casos, las más comunes las vasculares y quirúrgicas. Conclusiones: La tuberculosis extrapulmonar afecta principalmente a menores de 5 años, con predominio ganglionar y coexistencia de factores de vulnerabilidad como desnutrición, hacinamiento y antecedentes de exposición. Estos hallazgos resaltan la importancia de fortalecer el diagnóstico oportuno y las intervenciones dirigidas a los determinantes sociales de la salud en población pediátrica.