Introducción: La terapia por ultrasonido es una herramienta en fisioterapia cuya eficacia depende en gran medida de la precisión de los parámetros de radiación ultrasónica. Caracterizar un transductor ultrasónico es crucial para comprender su comportamiento en términos de distribución de energía. Este estudio presenta una metodología para el desarrollo de un sistema de caracterización mediante BFR para mejorar la evaluación de los dispositivos. Métodos: Se creó una interfaz gráfica para acondicionar los diferentes métodos de caracterización, los cuales se basan en las normas IEC 16189 e IEC 61161. Se utiliza LabVIEW para el desarrollo de las interfaces de usuario centrándose en la captura de datos, y a su vez, se emplea Octave para el procesamiento de datos. Con ello se obtiene un sistema que optimiza la caracterización de los transductores ultrasónicos para fisioterapia, además de que se propone un material accesible que actúa como máscara de apertura para tener una caracterización más completa. Resultados: Se evaluó la incertidumbre asociada al sistema de medición en 3 niveles de potencia: baja, media y alta. Los resultados mostraron una incertidumbre relativa del 0.1%, mejorando los valores históricos del CENAM. También se encontró que el TPU como material absorbente para máscara de apertura ofrece un desempeño adecuado para su uso como material delimitador en la caracterización de transductores. Conclusiones: El sistema automatizado basado únicamente utilizando BFR, es un método accesible y preciso para caracterizar los transductores ultrasónicos en fisioterapia. Se logró reducir la incertidumbre en la medición de potencia y se mejoró la trazabilidad del proceso. Persisten retos como la mejora de la repetibilidad del sistema y reducción de impactos ambientales, donde se puede seguir explorando sobre nuevas estrategias que mejoren la robustez en la caracterización de transductores ultrasónicos. Palabras clave: Ultrasonido, Fisioterapia, Transductores ultrasónicos, Interfaz gráfica, automatización, Potencia acústica, Intensidad acústica.