Los magueyes Agave gentryi y Agave montana son especies de la sección Salmianae, nativas de la Sierra de Querétaro a las cuales se les atribuyen distintos usos como la obtención de aguamiel para la elaboración de pulque y en algunos estados se elabora mezcal, sus flores son consumidas. Su variabilidad genética se encuentra amenazada debido a la sobreexplotación de los recursos relacionada con el auge mezcalero. Se colectaron muestras en la comunidad de Chavarrías, Cadereyta en Querétaro. Se obtuvieron distintos descriptores para realizar una caracterización morfoagronómica de cada especie, se realizó la prueba de viabilidad con tetrazolio al 1% con tres tratamientos: T1 (24 hrs), T2 (48 hrs), T3 (72 hrs), y pruebas de germinación con cuatro tratamientos térmicos: T1 (15ºC), T2 (20ºC), T3 (25ºC) y T4 (30ºC), donde se mantuvieron las constantes de humedad ambiental (30%), iluminación (65000 lx) y fotoperiodo (12/12). En A. gentryi, se presentó alta variabilidad en el tamaño de los frutos y las semillas. Se reconoció que los principales descriptores morfoagronómicos como indicadores para diferenciar ambas especies fueron el diámetro y longitud de fruto y semilla. Las dos especies presentaron un mayor porcentaje de semillas de color blanco (no viables) que de semillas de color negro (viables). El mejor tratamiento para probar viabilidad en A. gentryi resultó ser el T2 (48 hrs), mientras que, para A. montana, el mejor tratamiento fue el T3 (72 hrs). En los tratamientos con la temperatura, en donde se obtuvo un mayor porcentaje de germinación fue en el tratamiento T1 (15ºC) para ambas especies. Se rechazó la hipótesis planteada, Agave montana, que se encuentra a una mayor altitud que Agave gentryi, no presenta un mayor porcentaje de germinación a menor temperatura en comparación con Agave gentryi.