Esta investigación se ubica en la línea de la gestión tecnológica y utiliza herramientas de la administración financiera y la economía para desarrollar un modelo de evaluación financiera dirigido a empresas de innovación y base tecnológica creadas en las instituciones de educación superior con el objetivo de predecir la congruencia entre sus indicadores de factibilidad económica. El estudio es de carácter prescriptivo, no experimental y mixto. Se definieron las particularidades de las Empresas de Base Tecnológica para fundamentar la necesidad de una evaluación financiera diferenciada respecto a empresas tradicionales. Se analizaron las estrategias financieras a través del estudio de cinco casos identificando al “Bootstrapping” o reinversión como la práctica más común. Finalmente, se construyó un Modelo de Congruencia Financiera en Etapas Tempranas para evaluar la coherencia entre indicadores tradicionales de rentabilidad en proyectos innovadores. A pesar de la naturaleza incipiente del ecosistema de emprendimiento en México, es difícil establecer estándares financieros, pero a través de la colaboración de consultores, estudiantes emprendedores y empresarios fue posible obtener un diagnóstico claro del emprendimiento universitario en nuestro país y diseñar una herramienta que fortalece la toma de decisiones en fases iniciales para empresarios, inversionistas y consultores.