El virus de influenza tipo A es catalogado como un agente de importancia debido al gran impacto socio-económico y eco-epidemiológico que tiene en diversos hospedantes, en México inició su incursión con el subtipo H5N2 y posteriormente H7N3 estableciéndose que las aves acuáticas favorecen su transmisión y persistencia en la avicultura nacional. Motivo por el cual se busca evaluar las variaciones antigénicas y moleculares asociadas con la alta virulencia en cepas de aves domésticas en comparación con virus aislados de aves silvestres; y establecer relaciones evolutivas entre los virus de origen silvestre y domésticos circulantes en el país. Se evaluaron 73 marcadores para H5N2 y 43 para H7N3 en cepas aisladas que difieren en su dinámica espacio-temporal, y las relaciones evolutivas se determinaron mediante un análisis de inferencia filogenética en BEAST. Los árboles filogenéticos se construyeron con base a las variables de rasgos discretos empleando cadenas de Márkov para poder diseñar las redes de inferencia. Se complementó el análisis con una difusión espacio-temporal usando un software geoespacial. El análisis de las variaciones antigénicas indico que las cepas de campo han presentado y conservan sustituciones de aminoácidos asociadas con la adaptación y el incremento de su patogenicidad en los hospedantes, y con la inferencia filogeográfica se estableció que el linaje mexicano linajes se originó de poblaciones silvestres, pero son las aves domésticas las causantes de la permanencia y transmisión interespecie. Con base a los resultados, se establece que la producción avícola de México desempeña un rol eco-epidemiológico en la circulación del virus de influenza aviar, y que las aves silvestres cumplen su rol ecológico en su dispersión geográfica.