Spodoptera frugiperda es considerada una de las principales plagas en la agricultura a nivel mundial. Su microbioma desempeña un papel vital para las larvas, ya que la interacción de los microorganismos da lugar a funciones relacionadas con la homeostasis del organismo hospedero: la defensa inmunitaria y la asimilación de nutrientes, entre otras. Sin embargo, la dieta, los plaguicidas, los anti-bióticos, las condiciones climáticas, el sexo y la edad de las larvas son variables que interfieren en la composición de la microbiota larval, provocando simbiosis. El presente análisis meta genómico de larvas sanas y muertas con síntomas de infección identificó los principales géneros bacterianos y especies de virus; en cuanto a los géneros de bacterias predominantes, se registraron Enterococcus spp., con abundancia relativa del 78.4% y 100% en larvas sanas, y de 89.5% a 100%en larvas muertas. También se detectó la presencia de Pseudomonas sp., con una abundancia relativa del 21.6% en larvas sanas y 1% en larvas muertas. En menor medida se encontró Acetobacter sp., con una abundancia relativa en larvas muertas del 9.3%. Por otro lado, las lecturas correspondientes a virus fueron de 0.004% en larvas sanas y 1.48% en muertas; las secuencias de mayor abundancia relativa se relacionaron con familias de baculovirus y nudivirus.