Agave montana Villarreal es una especie nativa de México y con distribución restringida en los estados de Coahuila, Nuevo León, Tamaulipas y Querétaro. Se le da una variedad de usos, entre los que destaca la obtención de mezcal, bebida etílica derivada de diversas especies de agave, cuya demanda se ha ido incrementando en los últimos años, tanto en México como a nivel mundial. Sin embargo, ante la creciente demanda, la alta tasa de extracción de esta materia prima ha suscitado la pérdida de poblaciones y por ende la degradación de los ecosistemas. Al ser Agave montana una especie muy poco estudiada, es necesario generar información que ayude a los productores a un mejor aprovechamiento, por tanto, se requiere conocer las enfermedades que se encuentran presentes para su futuro manejo durante su producción in situ. El objetivo de esta investigación fue determinar los patógenos más frecuentes que causan enfermedad en A. montana encontrados en ejemplares de la localidad de Chavarrías en la Sierra El Doctor, perteneciente al municipio de Cadereyta en el estado de Querétaro. Se utilizaron técnicas de laboratorio como medios de cultivo selectivos e identificación morfológica, así como extracción de DNA y secuenciación de los agentes patogénicos, por otro lado, se elaboró la descripción de la sintomatología encontrada. Los resultados arrojaron el aislamiento de dos especies de bacterias que ocasionan pudrición blanda en agave, Raoultella terrigena y Chryseobacterium sp. cuya patogenicidad fue corroborada por medio de postulados de Koch. Además, se determinó al hongo Dothistroma septosporum como el agente causal del Tizón de la penca de agave, mientras que la combinación de humedad, temperatura y sombra son variables ambientales importantes en la incidencia de la enfermedad en el sitio de colecta. Este es el primer acercamiento a las enfermedades que afecta a Agave montana y representa su primer registro para México.