Las investigaciones en las ciencias naturales, y en las áreas de la salud, conllevan al avance de la atención clínica. La precisión del Apartado Metodológico (Am) de un protocolo permitirá que, al concluirse la investigación, se puedan extrapolar sus resultados a nuevas investigaciones. Ante ello, el objetivo del presente manuscrito consiste en describir las etapas para la elaboración del Am en protocolos de investigación clínicos, biomédicos y epidemiológicos. Considerando lo anterior, por medio de una revisión bibliográfica no sistemática, se realizó una revisión narrativa del tema. La correcta ejecución del Am puede realizarse en seis etapas: primero establecer las hipótesis y objetivos de trabajo, seguido del diseño de investigación. Posteriormente, se calculará la muestra, y se referirán las variables del estudio. Finalmente, se deberán describir no solo las maneras en que se preverán sesgos y errores, sino también el plan de análisis estadístico el cual, dependiendo de las hipótesis y objetivos, podrá ser descriptivo, inferencial o multivariado. La aceptación de un protocolo de investigación se deberá a un Am bien estructurado. Igualmente, el precisar las áreas de bioestadística garantizará no solo la correcta realización del proyecto, sino también su aplicación y reproducibilidad