En el sureste mexicano, el chile habanero (Capsicum chinense Jacq.) es una importante hortaliza por su alta rentabilidad. La enfermedad de la marchitez, provocada por Phytophthora spp. y Fusarium spp., causa la principal pérdida de producción que puede ir desde el 25 hasta el 100%. La producción de C. chinense en Yucatán enfrenta retos para disminuir el uso de agroquímicos en la nutrición y en el control de fitopatógenos. El objetivo de este trabajo fue caracterizar 19 aislados de Bacillus spp. provenientes de suelo de la región sur de Yucatán, por su efecto en la sanidad y el crecimiento en C. chinense. En ensayos de biocontrol in vitro, todos los Bacillus inhibieron el crecimiento micelial de Fusarium FCK2, Fusarium FCH1 y Phytophthora sp. hasta en un 78.20, 68.74 y 67.95 %, respectivamente, siendo las cepas CHP3, MAN22 y TX6, las que mostraron la mayor actividad antifúngica. En la caracterizac ió n bioquímica relacionada a la promoción del crecimiento vegetal, todos los Bacillus produjeron ácido indolacético AIA en el rango de 8.56-23.08 mg·L, y en pruebas cualitativas de ACCdesaminasa, producción de sideróforos y solubilización de fosfato el 47.36, 68.42 y 5.26% de las cepas presentaron actividad. En ensayos de biofertilización en planta, todos los Bacillus incidieron en el desarrollo de C. chinense, siendo AKL1, TX6 y MAN22 los que generaron los mayores índices de calidad, 0.20, 0,20 y 0.26, respectivamente. En pruebas de resistenc ia a la marchitez, la inoculación de MAN22, TX6 y AKL1 redujo la severidad de la enfermedad ocasionada por Fusarium spp. El aislado MAN22 redujo la severidad a un 52.50% para Fusarium FCH7 y los aislados AKL1 y MAN22 en un 40.00 y 47.50%, respectivamente contra Fusarium FCH8. En cuanto a los ensayos en campo de producción de fruto, MAN22 con 50 y 100% de fertilización inorgánica generó el mayor rendimiento con 196.24 y 208.32 g·planta1 y aumentó el número de frutos en un 26.05 y 27.50, incrementando el rendimiento con el 106.58 y 118.08%. sobre el testigo. En conclusión, MAN22 tiene potencial como biofertilizante y agente de control biológico.