Entre las enfermedades zoonóticas causadas por protozoos, cuya importancia ha incrementado en años recientes, se encuentra la babesiosis, la cual es causada por distintas especies del género Babesia. El incremento de la tasa de presentación en humanos, la presencia de resistencia a fármacos, el impacto en el sector ganadero y los efectos secundarios asociados a la terapéutica de la enfermedad, han propiciado la búsqueda de nuevas alternativas de tratamiento. Para este fin, se han propuesto los péptidos de defensa del hospedante (HDPs), cuya efectividad ha sido demostrada contra otras clases de protozoos intracelulares. En este grupo de moléculas se encuentran las catelicidinas, una de las familias más importantes identificada en animales. La Aquiluscidina, catelicidina de Crotalus aquilus, y el Vcn-23, su derivado, mostraron previamente una actividad antibacteriana a bajas concentraciones. El objetivo de este trabajo fue analizar el potencial antibabesia de estos péptidos. El Vcn-23 no tuvo efecto significativo contra ninguna de las especies evaluadas. Sin embargo, la Aquiluscidina mostró actividad dosis dependiente contra B. ovata (cepa Miyake) y B. bovis (cepa Texas) en ensayos libres de suero, teniendo una IC50 de 14.48 y 20.70 µM, respectivamente. Incluso, fue capaz de disminuir la cantidad de parásitos en cultivo de B. bigemina (aislado de Michoacán); no obstante, no presentó efecto contra B. bovis (aislado de Puebla). Los últimos dos aislados fueron cultivados en medio con 40% de suero bovino. Posteriormente, el tratamiento con Aquiluscidina provocó alteraciones morfológicas en los parásitos, principalmente perceptibles como disminución del tamaño celular. Además, ocasionó la formación de especies reactivas de Oxígeno, lo que estaría relacionado con la muerte celular del microorganismo. En conclusión, la Aquiluscidina tiene acción antibabesia, la cual se ve afectada por la adición de suero al medio de cultivo. Además, induce cambios morfológicos en el parásito, conduciendo a su eliminación. Estos hallazgos indican que este péptido tiene potencial para investigarse como alternativa para el diseño de compuestos dirigidos al tratamiento de la babesiosis.