La presente investigación desarrolla un estudio prospectivo sobre la industria del mantenimiento aeronáutico en Querétaro, México., mediante un enfoque de tipo cualitativo, con un diseño de investigación no experimental con estructura transversal. El cual, aporta conocimiento de alto valor agregado sobre la caracterización de un sistema complejo de (MRO), así como de su integración estructural y funcional. Para la interpretación de la posible evolución de un sistema con amplias posibilidades de desarrollo. En este sentido, la investigación integra la adecuación de una metodología prospectiva, para el contexto nacional, en una industria de alta competitividad y especialización. La cual, mediante la incorporación de un análisis estructural, identificación de actores clave, análisis morfológicos y multicriterio. Permite la identificación de variables o problemáticas clave del sistema. Dentro de las más relevantes se logran evidenciar; a) un desarrollo tecnológico cautivo exacerbado por las grandes organizaciones OEM´s, b) limitada inserción de las empresas nacionales a la cadena de valor aeronáutica, c) ineficiencia operativa por parte de la autoridad aeronáutica nacional para lograr acuerdos de convalidación de certificaciones, con agencias internacionales como la Federal Aviation Aminstration y la European Union Aviation Safety Agency, d) ineficiente articulación de la triple hélice (gobierno, academia e industria) para el desarrollo del sistema. En consecuencia, con el estudio prospectivo se integra la técnica por escenarios, para la identificación de las fuerzas de interacción entre los elementos que conforman al sistema de mantenimiento aeronáutico. Así mismo, se incorpora una propuesta estratégica, enfocada en la variable fundamental identificada para generar el dinamismo del sistema. Esta propuesta se orienta hacia la selección de medios y acciones mediante el uso del método multicriterio. Para establecer el camino óptimo hacia la integración de las empresas nacionales a la cadena de valor aeronáutica, coadyuvando a la reducción de costos y mejoramiento de la eficiencia operativa. Donde se incluye como aspecto fundamental la colaboración de la industria, la academia y el gobierno, para el desarrollo de acciones conjuntas.