El trastorno por atracón (TPA) se caracteriza por la ingesta de grandes cantidades de alimentos en periodos cortos de tiempo, sin existir conductas compensatorias. Se estima que la prevalencia mundial es del 2.5% y nacional del 1.6%. El TPA se asocia a fallas en la flexibilidad cognitiva (FC) y cambios en la respuesta psicofisiológica con reducción de la variabilidad de la frecuencia cardiaca (VFC) ante la exposición a estímulos de contenido alimentario. Su tratamiento se basa en intervenciones farmacológicas, psicoterapéuticas y nutricionales, aunque el apego es inadecuado, de tal forma es importante explorar otras alternativas terapéuticas como la estimulación magnética transcraneal repetitiva (EMTr), que es una técnica de neuromodulación que mediante la aplicación de campos electromagnéticos induce y modula la actividad cerebral. Objetivo: se evaluaron los efectos de la EMTr sobre el craving, frecuencia de atracones (FA), VFC y FC en pacientes con TPA. Metodología: se asignaron aleatoriamente 20 pacientes con TPA entre 18 y 45 años (ambos sexos), para recibir EMTr activa o EMTr sham (placebo), durante 15 sesiones de lunes a viernes a 5 Hz, posteriormente se realizó el cruce de códigos y recibieron la modalidad contraria durante 15 sesiones más. Fueron evaluados con el inventario de craving a alimentos (ICA), un registro de frecuencia de atracones, el inventario de depresión de Beck, la escala de ansiedad de Hamilton, la escala de depresión de Hamilton, escala de impulsividad de Barratt, la tarea de cartas de Wisconsin (WCST) para FC, la tarea de señal de alto para control inhibitorio y una prueba de reactividad de señales para la VFC. Resultados: el análisis estadístico revelo que de manera basal no existieron diferencias entre ambos grupos, pero al finalizar el tratamiento en el grupo de EMTr activa hubo una reducción de la FA 5.9±2.1 Vs 0.75 ± 0.70 (p=0.007), del ICA 72.4± 15.1 Vs 42± 16.8 (p>0.05), e incremento en la VFC 28.6 ± 3.4 Vs 36.29 ±1.9 (p=0.007). en la WCST aumentó el porcentaje de respuestas correctas 71.83± 9.38 Vs 84.51 ±4.01 (p=0.0133), con reducción del porcentaje de errores totales 25.66±11.22 Vs 15.87 ±4.25 (p=0.134). el grupo sham no mostro diferencias. Conclusiones: la EMTr podría ser eficaz en el tratamiento de algunos síntomas del TPA de acuerdo con la mejoría de los síntomas clínicos, neuropsicológicos y psicofisiológicos. Hace falta realizar más estudios con muestras mayores y que incluyan estudios de neuroimagen y de neurofisiología para profundizar en el conocimiento acerca de este trastorno.Binge eating disorder (BED) is characterized by the ingestion of large amounts of food in short periods of time, without compensatory behavior. It is estimated that the world prevalence is 2.5% and national prevalence is 1.6%. The BED is associated with failures in cognitive flexibility (FC) and changes in the psychophysiological response with reduction of heart rate variability (HRV) when exposed to stimuli of food content. Its treatment is based on pharmacological, psychotherapeutic and nutritional interventions, although the attachment is inadequate, so it is important to explore other therapeutic alternatives such as repetitive transcranial magnetic stimulation (rTMS), which is a neuromodulation technique that through the application of electromagnetic fields induces and modulates brain activity. Objective: the effects of rTMS on craving, binge-eating frequency (AF), HRV and FC in patients with BED were evaluated. Methodology: 20 patients with APD between 18 and 45 years (both sexes) were randomly assigned to receive active rTMS or rTMS sham (placebo), during 15 sessions from Monday to Friday at 5 Hz, subsequently the code was crossed and received the opposite mode for 15 more sessions. They were evaluated with the food craving inventory (FCI), a record of binge-eating frequency, the Beck depression inventory, the Hamilton anxiety scale, the Hamilton depression scale, the Barratt impulsivity scale, the task of Wisconsin letters (WCST) for FC, the high signal task for inhibitory control and a signal reactivity test for HRV. Results: the statistical analysis revealed that there were no differences between the two groups at baseline, but at the end of the treatment in the active rTMS group there was a reduction of AF 5.9 ± 2.1 Vs 0.75 ± 0.70 (p = 0.007), from FCI 72.4 ± 15.1 Vs 42 ± 16.8 (p> 0.05), and increase in HRV 28.6 ± 3.4 Vs 36.29 ± 1.9 (p = 0.007). In the WCST the percentage of correct answers increased 71.83 ± 9.38 Vs 84.51 ± 4.01 (p = 0.0133), with reduction of the percentage of total errors 25.66 ± 11.22 Vs 15.87 ± 4.25 (p = 0.134). The sham group did not show differences. Conclusions: rTMS could be effective in the treatment of some symptoms of TPA according to the improvement of clinical, neuropsychological and psychophysiological symptoms. It is necessary to carry out more studies with larger samples that include neuroimaging and neurophysiology studies to deepen the knowledge about this disorder.