En el presente trabajo se explora un paradigma alternativo para la colonización del ánodo de una celda de combustible microbiana (CCM) y se propone la implementación de una estrategia de trabajo para la operación de dos celdas de combustible microbianas usadas para generar electricidad a partir del tratamiento de aguas residuales. Las celdas de combustible microbianas (CCM) son consideradas una promesa para el tratamiento simultáneo de las aguas residuales y la obtención de energía a través de ellas. Las CCM son dispositivos capaces de transformar directamente energía química en energía eléctrica a través de reacciones electroquímicas y se basan en la actividad de microorganismos adheridos a un material de electrodo. El objetivo de este trabajo fue implementar un sistema que permite evaluar de forma automática el desempeño de dos celdas de combustible microbiana con electrodos modificados, utilizando como inóculoagua residual de la planta de tratamiento de la unidad Juriquilla-UNAM. Para tal efecto, se propusieron dos estrategias de trabajo, que constaron de la automatización de dos CCM teniendo como principal diferencia que una celda utiliza una carga eléctrica constante (CCMF) de 1500 kΩ y la otra celda (CCMV) realiza pruebas periódicas con un banco de resistencias que va de 0 a 50 kΩ para obtener la resistencia externa ideal. Ambas estrategias fueron probadas en celdas pilotos de laboratorio. La estrategia de trabajo que se propone toma ventaja de la forma de operación de un SBR (Reactor Secuencial por Lotes), de tal manera que, mediante una curva de polarización se pueda estimar cuál es la carga eléctrica ideal para trabajar, tomando en cuenta la información recopilada de voltaje, corriente y potencia, las cuales se procesan y entonces se fijan las nuevas condiciones de operación para la resistencia externa. La idea esencial se concentra entonces en una predicción de las condiciones de operación basadas en el procesamiento de los datos recopilados en el ciclo anterior.