El presente trabajo describe la diversidad y la estructura de los ensambles de encinos (Quercus) en dos áreas naturales protegidas (Sierra de Lobos –SL- y Pinal del Zamorano –PZ-) de la Meseta Central de Guanajuato en función a su distribución altitudinal a partir de las similitudes y diferencias (diversidad beta) a diferentes escalas de análisis (localidades, intervalos altitudinales y ANP) y de los valores de importancia relativa (VIR) de las especies en intervalos altitudinales y en las ANP. El método de muestreo empleado para obtener los datos de los árboles (especie, DAP, altura) fue el de cuadrante al punto central. Se aplicaron estimadores no paramétricos (Jackknife 1 y 2) para conocer la suficiencia de muestreo. Se efectuó un análisis de agrupamiento de localidades utilizando como medida de similitud el índice de Jaccard. La diversidad beta fue calculada por el programa Partition 3.0 a partir de métricas de q. La estructura fue descrita a partir de Valor de importancia Relativa (VIR) de cada especie obtenida con datos de densidad, dominancia y frecuencias relativas. Se hicieron 16 transectos en PZ y 20 en SL en los cuales fueron incluidos 673 árboles y colectados 169 ejemplares a partir de los cuales fueron identificadas 11 especies. El muestreo está completo por encima del 72%. Las localidades se agrupan de acuerdo a los intervalos altitudinales y no a las ANP. El análisis de la diversidad mostró que la diversidad beta es significativa (p<0.025) entre intervalos altitudinales y entre ANP mas no entre localidades y que la mayor diversidad beta se encuentra entre intervalos altitudinales. Las 2 especies con mayor VIR fueron Q. rugosa y Q. potosina. Las especies con VIR mas bajos fueron Q. crassifolia, Q. grisea, Q. mexicana, Q. obtusata, Q. resinosa y Q. sideroxyla. Las ANP estudiadas albergan el 52% de la riqueza estatal de encinos y el 24% de la riqueza registrada en la Mesa Central. Las ANP son similares en cuanto a diversidad y estructura aunque la diversidad beta está más relacionada con la altitud (intervalos) que con la cercanía geográfica de las localidades y las ANP.