El trastorno depresivo mayor (MDD, por sus siglas en inglés), es una de las enfermedades mentales más comunes en la actualidad y con una gran complejidad para su tratamiento debido a diversos factores que pueden favorecer al desarrollo y curso de este trastorno. Actualmente existe evidencia que el MDD está asociado con la microbiota intestinal a través del eje cerebro-intestino. Por ello, en esta tesis se buscó estudiar la composición y los perfiles funcionales o función metabólica de la microbiota intestinal en pacientes diagnosticados con MDD antes y después del tratamiento con antidepresivos del grupo de inhibidores selectivos de la recaptura de serotonina (SSRI, por sus siglas en inglés) e inhibidores de recaptura de serotonina y noradrenalina (SNRI, por sus siglas en inglés), basándonos en las secuencias del gen 16S del ARN ribosomal del trabajo previamente publicado por Dong et al. (2022). Encontramos que la diversidad alfa disminuye significativamente en los pacientes con MDD antes del tratamiento en comparación con los controles saludables (CS) y que la diversidad beta no difiere significativamente entre estos grupos. En contraste con los pacientes con MDD antes y después del tratamiento, los cuales mostraron diferencias significativas en la diversidad beta, pero no en la diversidad alfa. Descubrimos una asociación entre el género Eggerthella e Intestinibacter con el MDD antes del tratamiento, así como una mayor abundancia de bacterias patógenas. Sin embargo, estos resultados fueron atenuados por el uso de los antidepresivos, ya que en los pacientes con MDD después del tratamiento mostraron una asociación con los géneros Faecalibacterium, Agathobacter y Butyricicoccus, que son beneficiosas gracias a que poseen efectos antiinflamatorios, conduciendo a una restauración de la microbiota intestinal, así como una disminución en los procesos patológicos que incrementan el riesgo de desarrollar o agravar el MDD.