Echinocactus platyacanthus se distribuye en una vasta región de la República Mexicana tanto en el Desierto Chihuahuense (Coahuila, Nuevo León, Tamaulipas, Zacatecas y San Luis Potosí), la Zona Árida Queretano-Hidalguense (Guanajuato, Querétaro e Hidalgo) y en el Valle de Tehuacán Cuicatlán. Las poblaciones están separadas por dos disyunciones. La primera ocasionada por el Cinturón Volcánico Trans-Mexicano que separa a las poblaciones de Puebla y Oaxaca del resto del país, y la segunda la produce una zona volcánica que separa a las poblaciones de Querétaro, Hidalgo y Guanajuato de las del resto del norte. En este estudio se explora el patrón de variación genética en el espacio. Se amplificaron secuencias de ADN de plástidos del espaciador intergénico trnH-psbA en individuos de localidades representativas de la distribución (58 individuos) así como en individuos de E. horizonthalonius, E. texensis y E. grusonii, que se emplearon como grupos externos en la inferencia de las relaciones filogenéticas. También se amplificaron 4 marcadores del tipo inter secuencias simples repetidas (ISSR por sus siglas en inglés) en 191 individuos representativos de la distribución para explorar la variabilidad genética en un contexto espacial. Con el marcador de plástido se identificaron dos linajes bien definidos integrados el primero por poblaciones de la zona centro y sur y el segundo por poblaciones de la zona norte. Los marcadores de ISSR recuperan también esta división, pero muestran una mayor estructuración al interior de estos grupos. Las poblaciones en general muestran una baja variabilidad genética sobre todo en la zona sur de la distribución. Las poblaciones que se estudiaron en la zona sur pertenecen a una reserva ecológica por lo que no están sujetas a explotación, sin embargo, las poblaciones de la zona centro sobre todo aquellas en Querétaro son sujetas a una disminución importante del individuo reproductivo poniendo en riesgo su viabilidad a futuro. Es importante definir zonas de conservación para la región centro y norte además de reforzar la implementación de la normativa existente que las protege.