https://ri-ng.uaq.mx/handle/123456789/4101 2026-08-25T00:47:17Z 2026-08-25T00:47:17Z Valeria Hernández Zendejas https://ri-ng.uaq.mx/handle/123456789/13192 2026-08-15T06:09:38Z 2036-12-31T00:00:00Z

Efecto de la Selección Dependiente de la Frecuencia en una comunidad bacteriana sintética multiespecie Valeria Hernández Zendejas Comprender los mecanismos que regulan el ensamblaje de las comunidades es clave para predecir su respuesta a cambios ambientales. En particular, explicar cómo se mantiene la diversidad microbiana ante variaciones en la composición y disponibilidad de recursos sigue siendo un desafío en ecología evolutiva. La selección dependiente de la frecuencia negativa, donde las especies raras son favorecidas, se ha propuesto como un mecanismo que promueve la coexistencia. En esta tesis se evaluó si la coexistencia en comunidades bacterianas está mediada por este tipo de selección y cómo varía según la identidad de las especies y el ambiente. Para ello, se utilizaron comunidades sintéticas intra- e inter-género, manipulando la frecuencia inicial de las especies y el tipo de medio. Además, se emplearon simulaciones con un modelo de Lotka-Volterra generalizado para explorar la estabilidad de las comunidades. Los resultados muestran que, en la comunidad intra-género, los efectos de la frecuencia y la identidad de especie dependen de su interacción a tiempos tempranos, pero se debilitan con el tiempo, sin influencia del medio. En la comunidad inter-género, la dinámica depende fuertemente de la frecuencia, el ambiente y la identidad, con dominancia en medio rico y colapso en medio mínimo. Las simulaciones reproducen estas tendencias generales, aunque predicen principalmente escenarios de exclusión con pocos casos de coexistencia. En conjunto, estos resultados sugieren que la selección dependiente de la frecuencia no actúa de manera consistente en el tiempo ni entre contextos, y que su papel en el mantenimiento de la diversidad está fuertemente condicionado por la identidad de las especies y la disponibilidad de recursos.

2036-12-31T00:00:00Z Mayela Guadalupe Fosado Mendoza https://ri-ng.uaq.mx/handle/123456789/13188 2026-08-13T06:09:41Z 2027-07-10T00:00:00Z

Análisis metagenómico de la microbiota en la pared corporal del gasterópodo Deroceras laeve Mayela Guadalupe Fosado Mendoza La microbiota de los gasterópodos terrestres ha sido poco estudiada en comparación con la de moluscos marinos y dulceacuícolas, a pesar de que estas especies mantienen un contacto constante con el suelo y la materia orgánica que favorece interacciones frecuentes con comunidades microbianas del entorno. En este trabajo se caracterizó la microbiota asociada a la pared corporal de Deroceras laeve mediante metagenómica tipo shotgun, con el objetivo de describir su composición taxonómica, su diversidad y su potencial funcional. Se identificaron organismos pertenecientes a cuatro dominios: Bacteria, Eukaryota (hongos), Virus y Archaea. A nivel de filo, la composición fue comparable a la de otros moluscos, con Pseudomonadota, Bacillota, Ascomycota y Euryarchaeota como grupos dominantes en sus respectivos dominios. La diferenciación de D. laeve fue más evidente a nivel de género, donde se detectaron taxones como Streptomyces, Acinetobacter y Paenibacillus en bacterias; Thermococcus, Acidianus y Halomicrobium en arqueas; y Tequatrovirus en virus, los cuales no figuraron entre los más abundantes en los otros moluscos analizados. El análisis funcional basado en KEGG mostró que el metabolismo de carbohidratos y aminoácidos fue el núcleo funcional compartido entre los cuatro dominios, mientras que cada uno presentó particularidades propias: biosíntesis de metabolitos secundarios en bacterias, metabolismo energético en arqueas, procesamiento de información genética en hongos, y una amplia representación funcional vinculada a Mimivirus en virus. Los análisis de diversidad alfa y beta mostraron comunidades diversas y equitativas, con una composición diferenciada respecto a los moluscos acuáticos y un agrupamiento consistente con moluscos terrestres. Este estudio representa una de las primeras caracterizaciones metagenómicas de la microbiota de la pared corporal de D. laeve y ofrece una base de referencia para futuros estudios sobre las interacciones hospedero–microbiota en gasterópodos terrestres.

2027-07-10T00:00:00Z Emilio Ortiz Avila https://ri-ng.uaq.mx/handle/123456789/13187 2026-08-13T06:09:40Z 2027-12-31T00:00:00Z

Ensamblaje transcriptómico de novo y análisis de expresión diferencial durante la regeneración en Deroceras laeve Emilio Ortiz Avila La regeneración permite restaurar estructuras dañadas o perdidas, aunque los mecanismos moleculares que la regulan permanecen poco caracterizados en moluscos, particularmente en gasterópodos terrestres. Deroceras laeve es capaz de regenerar la región caudal tras amputación, por lo que representa un sistema útil para explorar la respuesta molecular temprana al daño en gasterópodos no modelo. En este trabajo se analizaron datos de Bulk RNA-seq para identificar cambios de expresión génica posteriores a la amputación de la cola en D. laeve. Para ello, se generó un ensamblaje de novo del transcriptoma, se estimaron abundancias transcriptómicas y se compararon muestras control y muestras obtenidas 48 horas después de la amputación mediante un análisis de expresión diferencial. También se anotaron funcionalmente los transcritos ensamblados y diferencialmente expresados. El ensamblaje final presentó métricas adecuadas de alineamiento y completitud, lo que respaldó su uso como referencia para la cuantificación y el análisis diferencial. En conjunto, los transcritos diferencialmente expresados con anotación funcional sugieren que la amputación caudal en D. laeve se asocia con una reorganización transcriptómica temprana relacionada con remodelación tisular, reorganización celular, plasticidad neural, ajuste metabólico y modulación de transcritos vinculados con proliferación, tráfico vesicular y sistema endolisosomal.

2027-12-31T00:00:00Z Alma Cárdenas Flores https://ri-ng.uaq.mx/handle/123456789/13131 2026-07-25T06:09:38Z 2031-12-31T00:00:00Z

Generación y evaluación de una proteína quimérica multi-epitópica como candidato vacunal contra Babesia bovis Alma Cárdenas Flores La babesiosis bovina es una enfermedad transmitida por garrapatas, causada por Babesia bovis, Babesia bigemina y Babesia divergens, de estas especies, B. bovis es la que causa el cuadro clínico más grave. Las garrapatas del género Rhipicephalus, vectores de esta enfermedad, se encuentran en gran parte del territorio mexicano, favorecidas por sus condiciones climáticas, por lo que la ganadería mexicana está en constante exposición a la babesiosis. Las vacunas existentes contra esta enfermedad están elaboradas a partir de sangre bovina infectada, lo que representa numerosas desventajas para su manejo, bioseguridad y efectividad contra aislados genéticamente diversos de patógeno, además de que no se comercializan en nuestro país. El desarrollo de vacunas de nueva generación que involucren ingeniería genética, diseñadas a partir de regiones conservadas de proteínas que participan en diferentes fases del ciclo de vida de Babesia, representa una alternativa más viable, segura y sustentable para combatir esta enfermedad. Las vacunas multi-epitópicas, basadas en péptidos con epítopos B predichos y conservados se han desarrollado con anterioridad en organismos similares a Babesia, tal es el caso de Toxoplasma gondii y Plasmodium falciparum con resultados prometedores. Durante el desarrollo de este proyecto se desarrolló un candidato vacunal contra la babesiosis bovina causada por B. bovis basado en 8 diferentes antígenos del parásito involucrados en la invasión a los eritrocitos, interacción con el sistema inmune del bovino y a la invasión a las células intestinales de la garrapata vector. Se realizaron ensayos de neutralización de la parasitemia in vitro a los anticuerpos anti-péptidos de la proteína Enolasa de B. bovis, que se diseñaron y evaluaron previamente para determinar inmunogenicidad y especificidad. A partir de secuencias reportadas se diseñaron y obtuvieron péptidos sintéticos con epítopos B predichos de la proteína HAP2 de B. bovis, a estos péptidos sintéticos se les determinó su inmunogenicidad. Así también se realizó el análisis bioinformático de la secuencia HSP-20 de B. bovis para el diseño y selección de un péptido con epítopos T. De estas proteínas, se seleccionarán los péptidos que resultaron eficaces para unirlos a otros, previamente caracterizados por nuestro grupo, de las proteínas TCTP, RON2, AMA1, MSA-2c, y RAP-1, ensamblándolos bioinformáticamente en una proteína quimérica. Esta proteína se obtuvo de forma recombinante, se purificó mediante cromatografía de afinidad y se realizaron ensayos de inmunogenicidad en bovinos con 2 diferentes de dosis de proteína recombinante, 50 y 100 µg. Los anticuerpos generados fueron titulados y se determinó su especificidad tanto contra la proteína recombinante mediante Western Blot y contra la proteína nativa mediante inmunofluorescencia indirecta. Así también, se comprobó mediante WB que el suero de un individuo que sobrevivió a la infección con B. bovis posee anticuerpos capaces de reconocer la proteína quimérica generada en este estudio.

2031-12-31T00:00:00Z