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Title: Evaluación del tRNACys de Bacillus subtilis como modelo de estudio para estudiar mecanismos de estrés oxidativo inducido por mercurio como contaminante del suelo
metadata.dc.creator: Iván Arvizu Hernández
Keywords: BIOLOGÍA Y QUÍMICA;CIENCIAS DE LA VIDA;BIOLOGÍA MOLECULAR
metadata.dc.date: 22-Mar-2021
Description: En su hábitat natural, la bacteria del suelo Bacillus subtilis a menudo tiene que responder a estrés osmótico, deficiencia de nutrientes y estrés oxidativo. Al agotarse los nutrientes, esta bacteria genera endosporas que germinan para formar células vegetativas cuando los nutrientes vuelven a estar disponibles. En este sentido, los mecanismos moleculares de acumulación de tRNAs durante la esporulación son una prioridad, ya que desempeñan un papel esencial en la decodificación de la información genética en el mRNA durante la síntesis de proteínas en la germinación de esporas y el crecimiento. La expresión génica se ha analizado previamente durante la germinación y el crecimiento. Sin embargo, no se ha estudiado ampliamente el procesamiento de los tRNAs bajo estrés por sal y estrés oxidativo. Para obtener más información sobre el procesamiento del tRNA bajo una perspectiva de secuenciación global, en este trabajo se analizaron tres transcriptomas de Bacillus subtilis disponibles en bases de datos para averiguar qué metodología de extracción, purificación y secuenciación de RNA permite el análisis del tRNA y en particular de aquellos tRNAs de copia única en el genoma, por ejemplo el tRNACys. En este trabajo, se analizaron tres bases de datos de transcriptomas bajo condiciones experimentales y de secuenciación diferente, se encontró que solamente aquella secuenciada a través de la plataforma Ion Torrent, logramos obtener un análisis del tRNACys y, no así con las metodologías de Illumina y el protocolo DM-tRNA-seq. Por lo tanto concluimos que los protocolos disponibles para el análisis de RNA tienen limitaciones, por lo que la recuperación y obtención de secuencias es diferente en cada una. Debido a esto, es importante entonces la evaluación previa de métodos que permitan la detección y análisis fino de las moléculas de tRNA a estudiar para evitar sesgos. Con los resultados anteriores, se establecieron condiciones de estrés oxidativo en la germinación de endosporas de Bacillus subtilis PY79 expuestas a diferentes concentraciones de HgCl2. Los resultados muestran un efecto negativo en el crecimiento a tal concentración por lo que nos permitió generar condiciones de cultivo para que en posteriores investigaciones se analice la expresión del tRNA.
URI: http://ri-ng.uaq.mx/handle/123456789/2717
Other Identifiers: Estrés ambiental
Bacillus subtilis
Procesamiento del tRNACys
RNA-seq
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